Byrjað var að grafa í Kirkjugarðinn á Naustahöfðanum í júlí 1863.

Svo greinir frá í bók Sverris Pálssonar, Akureyrarkirkja, "Uppi á Höfðanum var að öllu athuguðu skársta kirkjugarðsstæðið í nágrenni kirkjunnar, grasi gróinn moldarjarðvegur og sæmileg jarðvegsdýpt." Landið var hluti af jörðinni Naustum, sem þá var eign séra Daníels prófasts Halldórssonar á Hrafnagili. Haft er fyrir, satt að hann hafi gefið Akureyrarkaupstað landsskika uppi á Naustahöfða undir kirkjugarð, og er eftirfarandi glefsa úr Norðanfara einkum höfð til marks um það . Hún er úr grein sem rituð var í júlí mánuði 1877 og undirskrifuð "Nokkrir Akureyrarkauspstaðbúar". Þar stendur. "Vér höfum nú að vísu heyrt, að þegar kirkja vor var orðin fullgjör, hafi nokkrir bæjarbúar samið við prestinn um, að honum skyldi heimilt að búa á Hrafnagili í næstu 5 ár gegn því, að hann eftirléti kaupstaðnum blett úr landi eignarjarðar hans, Nausta, til kirkjugarðsbyggingar"

Á þessum tíma var búið að reisa kirkju á lóð þar sem Minjasafnið á Akureyri stendur nú. Beint undir brekkunni þar sem kirkjugarðinum var ætlaður staður. Fljótlega eftir vígslu kirkjugarðsins fóru að heyrast raddir um að flytja þyrfti kirkjugarðinnn ofanaf brekkunni og að kirkjunni. Ætla mætti að erfitt hafi verið að koma kistu upp þessa bröttu brekku frá kirkju að kirkjugarði amk. að vetri til. Það eitt hefði verið fullgild ástæða til að óska eftir flutningi garðsins. En svo var ekki, ástæðan var að menn töldu þetta ekki vera nægjanlega gott grafarstæði. Það fór þó svo að garðurinn var ekki fluttur og stendur enn.

Soffía Helgadóttir frá Grísará var jarðsett fyrst allra á Naustahöfða þann fimmtánda júlí 1863 og er hún því vökumaður garðsins.

Kirkjugarðurinn í Lögmannshlíð

Kirkja hefur staðið í Lögmannshlíð um langt árabil, sennilega frá því skömmu eftir kristnitöku Sú kirkja sem þar nú stendur var reist í kringum 1860. Sennilega hefur alla tíð verið kirkjugarður við kirkjuna.

 Árið 1980 náðust samningar milli Akureyrarsóknar og Lögmannshlíðarsóknar um að sameina rekstur þessara tveggja garða undir heitinu Kirkjugarðar Akureyrar. En þá höfðu áður verið þreyfingar í gangi í þá veru um all nokkurt skeið. Um haustið 1974 kom fyrirspurn frá Lögmannshlíðarsókn hvort kirkjugarðsvörður Kirkjugarðs Akureyrar gæti tekið að sér hirðingu garðsins.

Voru engin tormerki talin á því ef eftir því yrði leitað. Það var svo ekki fyrr en 1977 sem sóknarnefndin gerði alvöru úr hugmyndum sínum. Svo var það um 1980 sem skrefið var stigið til fulls og rekstur garðanna sameinaður.